Высшим органом Профсоюза является съезд, который созывается не реже одного раза в пять лет. О дате созыва, месте проведения, повестке дня съезда объявляется не позднее, чем за  месяц до его начала.
    Внеочередной съезд созывается по решению Центрального Совета или по требованию не менее 1/3  входящих в Профсоюз организаций. О дате  созыва, месте проведения, повестке дня съезда объявляется не позднее, чем за две недели до его проведения.
    Съезд считается правомочным, если в его работе приняли участие не менее двух третей избранных делегатов.
    Съезд Профсоюза:
    - заслушивает и обсуждает отчеты о деятельности Центрального Совета  и  Контрольно - ревизионной комиссии, дает оценку их работе;
    - определяет программу действий и очередные задачи Профсоюза;
    - утверждает Устав, изменения и дополнения к нему, Положения о структурных подразделениях Профсоюза и Контрольно-ревизионной комиссии Профсоюза.
    В период между съездами частичные изменения и дополнения в Устав и Положения могут быть внесены на заседании Центрального Совета Профсоюза с последующим утверждением их на съезде;
    - избирает членов Центрального Совета Профсоюза или подтверждает их полномочия в случае формирования Совета по принципу прямого делегирования;
    - избирает Председателя Профсоюза и членов Контрольно-ревизионной комиссии;
    - принимает решение о прекращении деятельности Профсоюза;
    - принимает любые другие решения, связанные с деятельностью Профсоюза.
        
    В период между съездами руководящим органом Профсоюза является Центральный Совет (ЦС). Заседания Центрального Совета проводятся по мере необходимости, но не реже одного раза в год и считаются правомочными при участии в них более половины избранных в его состав членов.

                            Центральный Совет Профсоюза:

    - организует и контролирует выполнение решений съезда и уставных задач  Профсоюза;
    - представляет и защищает права и интересы Профсоюза в государственных, судебных, хозяйственных органах и общественных организациях;
    - координирует  деятельность структурных подразделений Профсоюза, оказывает им организационную, методическую, консультативную и правовую помощь;
    - определяет основные положения отраслевых соглашений от имени членов Профсоюза и осуществляет  контроль за их выполнением;
    - избирает или делегирует своих представителей в состав объединений профсоюзов;
    - проводит выборы заместителя (лей) Председателя Профсоюза;
    - утверждает смету доходов и расходов, принимает решения нормативного характера по вопросам владения, пользования и распоряжения имуществом Профсоюза;
    - устанавливает  размеры и систему оплаты труда в Профсоюзе;
    - принимает решение о проверке уставной, финансовой деятельности структурных подразделений Профсоюза, при выявлении нарушений приостанавливает их  банковские операции до окончательного решения вопроса;
    - принимает решения о сроках и порядке проведения отчетов и выборов в Профсоюзе;
    - осуществляет другие функции, делегированные ему съездом.
 
    члены Центрального Совета
 
    Для ведения оперативной и текущей работы ЦС Профсоюза избирает Исполнительный Комитет (Исполком), в состав которого входят Председатель Профсоюза, его заместитель (ли) по должности. Заседания Исполкома проводятся по мере необходимости, но не реже четырех раз в год и считаются правомочными при участии в их работе более половины избранных в состав Исполкома членов.

Исполком:

    - созывает заседания Центрального Совета Профсоюза, определяет его повестку дня, дату  и место проведения:
    - беспечивает  выполнение решений съезда и ЦС Профсоюза;
    - организует и координирует работу по обучению профсоюзных кадров и актива, обобщает и распространяет опыт профсоюзной деятельности;
    - по предложению председателя Профсоюза утверждает структуру и штатное расписание, численность  аппарата ЦС Профсоюза, утверждает руководителей структурных подразделений  и организаций, учрежденных Профсоюзом;
    - определяет перечень статистических данных, представляемых структурными подразделениями в вышестоящие органы Профсоюза;
    - распоряжается имуществом и денежными средствами Профсоюза в пределах полномочий, определенных Центральным Советом Профсоюза;
    - выполняет другие функции, делегированные ему Центральным Советом.

    члены Исполнительного комитета

Председатель Профсоюза:

    - обеспечивает выполнение уставных задач, решений съезда, Центрального Совета, Исполкома;
    - подотчетен съезду, а в период между съездами – Центральному Совету;
    - руководит работой  Центрального Совета Профсоюза, Исполкома;
    - представляет Профсоюз железнодорожников Республики  Казахстан  в государственных  органах, объединениях работодателей, общественных объединениях, в иных организациях, средствах массовой информации, а также в международных организациях;
    - делает в необходимых случаях заявления, направляет обращения и ходатайства от имени Профсоюза;
    - заключает соглашения о взаимоотношениях с профсоюзными объединениями, объединениями работодателей, исполнительными органами, международными организациями с последующим утверждением  Исполкомом;
    - распоряжается имуществом и денежными средствами Профсоюза в пределах полномочий, определенных Центральным Советом, Исполкомом;
    - вносит предложения Центральному Совету об избрании и освобождении от должности заместителей Председателя Профсоюза;
    - осуществляет кадровую политику, при необходимости вносит выборным органам профсоюзов представление о привлечении к ответственности должностных лиц, вплоть до их освобождения;
    - осуществляет общее руководство аппаратом Центрального Совета, вносит предложения о назначении руководителей структурных подразделений, определяет их функции, осуществляет прием и увольнение работников, меры их морального и  материального поощрения;
    - издает распоряжения, выдает доверенности от имени  Профсоюза и определяет порядок их выдачи заместителем (лями) Председателя Профсоюза;
    - выполняет другие функции, делегированные ему Центральным Советом и Исполкомом.
    Председатель Профсоюза по должности является делегатом съезда Профсоюза, членом Центрального Совета и Исполкома, ведет их заседания.